Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Bilgi Paketi

Programlar Hakkında Bilgi

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ / MBG627 - MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (DOKTORA)

Kodu: MBG627 Adı: İLERİ PROTEOMİK YÖNTEMLER Teorik+Uygulama: 3+0 AKTS: 6
Sınıf/Yarıyıl 1 / Güz
Ders Düzeyi Doktora
Ders Türü Seçmeli
Bölümü MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (DOKTORA)
Ön Koşul Dersleri Yok
Öğretim Sistemi Örgün
Ders Süresi 14 Hafta
Öğretim Elemanı NAŞİT İĞCİ (nasitigci@nevsehir.edu.tr)
Diğer Öğretim
Elemanı/Elemanları
Öğretim Dili Türkçe
Sınıf Dışı Uygulama/Staj Yok
Dersin Amacı
Bu dersin amacı kütle spektrometrelerinin proteomikste kullanım amaçları ve proteomikste kütle spektrometresi tabanlı analiz yöntemleri hakkında bilgi kazandırmaktır.

Ders Öğrenme Çıktıları (DÖÇ) ODY
Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler:
DÖÇ-1 Güncel proteomik stratejiler hakkında bilgi verebilir. PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur
PÇ-2 Temel Moleküler Biyoloji bilgisi edinir
PÇ-3 Bilimsel gelişmelere araştırma ve geliştirme yetileri ile katkılarda bulunur
PÇ-4 Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek, alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarır
Yazılı Sınav
DÖÇ-2 Proteomikste biyoinformatik analizlerin hangi amaçlarla kullanıldığı hakkında bilgi verebilir. PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur
PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür
PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır
Yazılı Sınav
DÖÇ-3 Kütle spektrometrelerinin proteomiks çalışmalarında kullanımları hakkında bilgi verebilir. PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur
PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür
PÇ-4 Mesleki alanla ilgili her faaliyette, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmesini yönlendirir
PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır
Yazılı Sınav
DÖÇ-4 Kütle spektrometrelerinin proteomiks çalışmalarında kullanımıyla ilgili temel yaklaşımları ve deneysel yöntemleri öğrenir. PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur
PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür
PÇ-4 Mesleki alanla ilgili her faaliyette, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmesini yönlendirir
PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır
Yazılı Sınav
PÇ: Bölüm program çıktıları
ÖDY: Ölçme ve değerlendirme yöntemi

Dersin İçeriği
Proteomikste güncel stratejiler ve veri kaynakları, kütle spektrometreleri ve proteomikste kullanımı, kütle spektrometresinde peptit/protein analizi için örnek hazırlama, ölçüm ve spektrumun analizi, biyoinformatik araçlarla protein tanımlama, de novo amino asit dizileme, etiketli protemiks, kantitatif proteomiks, cross-link kütle spektrometre tekniği.
Haftalık Detaylı Ders İçeriği
Hafta Detaylı İçerik Öğretim Yöntem ve Teknikleri
1 Proteomikste güncel stratejiler ve veri kaynakları. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
2 Kütle spektrometreleri ve proteomikste kullanımı. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
3 “Top-down” ve “bottom-up” proteomiks stratejileri. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
4 Kütle spektrometresi ölçümü için örnek hazırlama. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
5 Kütle spektrometresi ile peptit ve proteinlerin hassas kütle ölçümünde kullanılan yöntemler. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
6 Kütle spektrometresi ile elde edilen spektrumun yapısı ve verdiği bilgi. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
7 Kütle spektrometresinde peptit fragmantasyon yöntemleri ve kullanım amacı. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
8 Ara Sınav
9 Kütle spektrometresi ile protein tanımlama I: Peptit Kütle Parmakizi Analizi. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
10 Kütle spektrometresi ile protein tanımlama II: Peptit Fragment Parmakizi Analizi. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
11 Kütle spektrometresi tabanlı de novo aminoasit dizilemesi ve bu amaç için kullanılabilecek yazılımlar. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
12 Etiketli (labeled) proteomiks yaklaşımları. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
13 Kantitatif proteomikste kullanılan yöntemler. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
14 Kantitatif proteomikste biyoinformatik analizlerin kullanımı. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
15 Kütle spektrometresi tabanlı çapraz-bağlama (cross-linking) yaklaşımı ile protein 3 boyutlu yapısı hakkında bilgi sahibi olma. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
16 Final Sınavı
Ders Kitabı / Yardımcı Kitap
1 Özel Demiralp F, İğci N, Peker S, Ayhan B. 2014. Temel Proteomik Stratejiler. Ankara Üniversitesi Yayınevi, Ankara.
2 Hamdan M, Righetti PG. 2005. Proteomics Today. John Wiley & Sons, New Jersey.
3 Matthiesen R (Ed). 2007. Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics. Humana Press.
4 Hoffmann E, Stroobant V. 2007. Mass Spectrometry: Principles and Applications. Wiley.
5 İğci, N. Ders Notları.
Ders Araç - Gereç ve Malzemeleri
Ders notları, kitaplar, ilgili makaleler, bilgisayar

Ölçme Yöntemi
Yöntem Hafta Süre (Saat) Katkı(%)
Ara Sınav 8 2 40
Diğer Ölçme Yöntemleri
1.Sözlü Sınav
2.Kısa Sınav (Quiz)
3.Laboratuvar Sınavı
4.Sunum
5.Rapor
6.Seminer
7.Performans Ödevi
8.Dönem Ödevi
9.Proje
Final Sınavı 16 2 60

Öğrenci İş Yükü
İşlem Adı Haftalık Saat Sayı İş Yükü
Haftalık Ders Saati (Teorik+Uygulama) 3 14 42
Sınıf Dışı Çalışma
       a) Okuma 3 14 42
       b) İnternette/Kütüphanede Tarama 3 14 42
       c) Performans Ödevi 0
       d) Seminer/Sunum/Rapor Hazırlama 0
       e) Dönem Ödevi/Proje Hazırlama 0
Sözlü Sınav 0
Kısa Sınav (Quiz) 0
Laboratuvar Sınavı 0
Ara Sınav İçin Hazırlık 3 7 21
Ara Sınav 2 1 2
Final Sınavı İçin Hazırlık 3 7 21
Final Sınavı 2 1 2
0
0
Toplam İş Yükü 172