|
|||||
Sınıf/Yarıyıl | 1 / Güz | ||||
Ders Düzeyi | Doktora | ||||
Ders Türü | Seçmeli | ||||
Bölümü | MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (DOKTORA) | ||||
Ön Koşul Dersleri | Yok | ||||
Öğretim Sistemi | Örgün | ||||
Ders Süresi | 14 Hafta | ||||
Öğretim Elemanı | NAŞİT İĞCİ (nasitigci@nevsehir.edu.tr) | ||||
Diğer Öğretim Elemanı/Elemanları |
|||||
Öğretim Dili | Türkçe | ||||
Sınıf Dışı Uygulama/Staj | Yok | ||||
Dersin Amacı | |||||
Bu dersin amacı kütle spektrometrelerinin proteomikste kullanım amaçları ve proteomikste kütle spektrometresi tabanlı analiz yöntemleri hakkında bilgi kazandırmaktır. |
Ders Öğrenme Çıktıları (DÖÇ) | PÇ | ODY | |
Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler: | |||
DÖÇ-1 | Güncel proteomik stratejiler hakkında bilgi verebilir. |
PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur PÇ-2 Temel Moleküler Biyoloji bilgisi edinir PÇ-3 Bilimsel gelişmelere araştırma ve geliştirme yetileri ile katkılarda bulunur PÇ-4 Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek, alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarır |
Yazılı Sınav |
DÖÇ-2 | Proteomikste biyoinformatik analizlerin hangi amaçlarla kullanıldığı hakkında bilgi verebilir. |
PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır |
Yazılı Sınav |
DÖÇ-3 | Kütle spektrometrelerinin proteomiks çalışmalarında kullanımları hakkında bilgi verebilir. |
PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür PÇ-4 Mesleki alanla ilgili her faaliyette, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmesini yönlendirir PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır |
Yazılı Sınav |
DÖÇ-4 | Kütle spektrometrelerinin proteomiks çalışmalarında kullanımıyla ilgili temel yaklaşımları ve deneysel yöntemleri öğrenir. |
PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür PÇ-4 Mesleki alanla ilgili her faaliyette, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmesini yönlendirir PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır |
Yazılı Sınav |
PÇ: Bölüm program çıktıları ÖDY: Ölçme ve değerlendirme yöntemi |
Dersin İçeriği | ||
Proteomikste güncel stratejiler ve veri kaynakları, kütle spektrometreleri ve proteomikste kullanımı, kütle spektrometresinde peptit/protein analizi için örnek hazırlama, ölçüm ve spektrumun analizi, biyoinformatik araçlarla protein tanımlama, de novo amino asit dizileme, etiketli protemiks, kantitatif proteomiks, cross-link kütle spektrometre tekniği. | ||
Haftalık Detaylı Ders İçeriği | ||
Hafta | Detaylı İçerik | Öğretim Yöntem ve Teknikleri |
1 | Proteomikste güncel stratejiler ve veri kaynakları. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
2 | Kütle spektrometreleri ve proteomikste kullanımı. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
3 | “Top-down” ve “bottom-up” proteomiks stratejileri. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
4 | Kütle spektrometresi ölçümü için örnek hazırlama. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
5 | Kütle spektrometresi ile peptit ve proteinlerin hassas kütle ölçümünde kullanılan yöntemler. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
6 | Kütle spektrometresi ile elde edilen spektrumun yapısı ve verdiği bilgi. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
7 | Kütle spektrometresinde peptit fragmantasyon yöntemleri ve kullanım amacı. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
8 | Ara Sınav | |
9 | Kütle spektrometresi ile protein tanımlama I: Peptit Kütle Parmakizi Analizi. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
10 | Kütle spektrometresi ile protein tanımlama II: Peptit Fragment Parmakizi Analizi. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
11 | Kütle spektrometresi tabanlı de novo aminoasit dizilemesi ve bu amaç için kullanılabilecek yazılımlar. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
12 | Etiketli (labeled) proteomiks yaklaşımları. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
13 | Kantitatif proteomikste kullanılan yöntemler. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
14 | Kantitatif proteomikste biyoinformatik analizlerin kullanımı. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
15 | Kütle spektrometresi tabanlı çapraz-bağlama (cross-linking) yaklaşımı ile protein 3 boyutlu yapısı hakkında bilgi sahibi olma. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
16 | Final Sınavı | |
Ders Kitabı / Yardımcı Kitap | ||
1 | Özel Demiralp F, İğci N, Peker S, Ayhan B. 2014. Temel Proteomik Stratejiler. Ankara Üniversitesi Yayınevi, Ankara. | |
2 | Hamdan M, Righetti PG. 2005. Proteomics Today. John Wiley & Sons, New Jersey. | |
3 | Matthiesen R (Ed). 2007. Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics. Humana Press. | |
4 | Hoffmann E, Stroobant V. 2007. Mass Spectrometry: Principles and Applications. Wiley. | |
5 | İğci, N. Ders Notları. | |
Ders Araç - Gereç ve Malzemeleri | ||
Ders notları, kitaplar, ilgili makaleler, bilgisayar |
Ölçme Yöntemi | |||
Yöntem | Hafta | Süre (Saat) | Katkı(%) |
Ara Sınav | 8 | 2 | 40 |
Diğer Ölçme Yöntemleri | |||
1.Sözlü Sınav | |||
2.Kısa Sınav (Quiz) | |||
3.Laboratuvar Sınavı | |||
4.Sunum | |||
5.Rapor | |||
6.Seminer | |||
7.Performans Ödevi | |||
8.Dönem Ödevi | |||
9.Proje | |||
Final Sınavı | 16 | 2 | 60 |
Öğrenci İş Yükü | |||
İşlem Adı | Haftalık Saat | Sayı | İş Yükü |
Haftalık Ders Saati (Teorik+Uygulama) | 3 | 14 | 42 |
Sınıf Dışı Çalışma | |||
a) Okuma | 3 | 14 | 42 |
b) İnternette/Kütüphanede Tarama | 3 | 14 | 42 |
c) Performans Ödevi | 0 | ||
d) Seminer/Sunum/Rapor Hazırlama | 0 | ||
e) Dönem Ödevi/Proje Hazırlama | 0 | ||
Sözlü Sınav | 0 | ||
Kısa Sınav (Quiz) | 0 | ||
Laboratuvar Sınavı | 0 | ||
Ara Sınav İçin Hazırlık | 3 | 7 | 21 |
Ara Sınav | 2 | 1 | 2 |
Final Sınavı İçin Hazırlık | 3 | 7 | 21 |
Final Sınavı | 2 | 1 | 2 |
0 | |||
0 | |||
Toplam İş Yükü | 172 |