Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Bilgi Paketi

Programlar Hakkında Bilgi

FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ / MBG625 - MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (DOKTORA)

Kodu: MBG625 Adı: PROTEOMIKS BİYOİNFORMATİĞİ Teorik+Uygulama: 3+0 AKTS: 6
Sınıf/Yarıyıl 1 / Güz
Ders Düzeyi Doktora
Ders Türü Seçmeli
Bölümü MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK (DOKTORA)
Ön Koşul Dersleri Yok
Öğretim Sistemi Örgün
Ders Süresi 14 Hafta
Öğretim Elemanı NAŞİT İĞCİ (nasitigci@nevsehir.edu.tr)
Diğer Öğretim
Elemanı/Elemanları
Öğretim Dili Türkçe
Sınıf Dışı Uygulama/Staj Yok
Dersin Amacı
Proteomiks alanında yapılan çalışmalarda biyoinformatik yaklaşımların hangi amaçlarla kullanıldığı hakkında uygulamalı bir şekilde bilgi vermek.

Ders Öğrenme Çıktıları (DÖÇ) ODY
Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler:
DÖÇ-1 Proteomikste kullanılan güncel biyoinformatik stratajileri açıklayabilir. PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur
PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür
PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır
Yazılı Sınav
Seminer-Sunum-Rapor
DÖÇ-2 Proteomikste kullanılan bazı önemli biyoinformatik analizleri yapabilir. PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür
PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır
Yazılı Sınav
Seminer-Sunum-Rapor
DÖÇ-3 Proteomik veri tabanları hakkında bilgi sahibi olur ve araştırmalarda hangi veri tabanının ne zaman kullanılacağını açıklayabilir. PÇ-1 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki güncel konular hakkında bilgi sahibi olur
PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür
PÇ-4 Mesleki alanla ilgili her faaliyette, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmesini yönlendirir
PÇ-6 Moleküler Biyoloji ve genetik alanında araştırma projesi tasarlama ve bununla ilgili sonuçların değerlendirilmesi ve sunulması konusunda yeterlilik kazanır
Yazılı Sınav
Seminer-Sunum-Rapor
PÇ: Bölüm program çıktıları
ÖDY: Ölçme ve değerlendirme yöntemi

Dersin İçeriği
Güncel proteomik stratejiler, proteomikste biyoinformatiğin kullanımı, jel tabanlı ifade çalışmalarında analiz, protein veri tabanlarının kullanımı, kütle spektrometresi tabanlı proteomikste deneysel yaklaşımlar ve biyoinformatik araçlarla protein tanımlama, protein 3 boyutlu yapı modellemesinde biyoinformatik yaklaşımlar.
Haftalık Detaylı Ders İçeriği
Hafta Detaylı İçerik Öğretim Yöntem ve Teknikleri
1 Proteomikste güncel stratejiler ve veri kaynakları. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
2 Proteomik yöntemlerde biyoinformatiğin yeri ve uygulama amaçları. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
3 Jel tabanlı yöntemlerle ifade analizi ve sonuçların yazılımlar ile değerlendirilmesi ve sunumu. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
4 Protein veri tabanlarının tanıtılması ve veri tabanlarında yer alan amino asit dizilerinin elde edilme yöntemleri. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
5 Protein veri tabanlarında istenilen bilgiye ulaşma ve amaca yönelik kullanımları. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
6 Kütle spektrometreleri ve proteomikste kullanımı. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
7 Kütle spektrometresi ile elde edilen spektrumun yapısı ve verdiği bilgi. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
8 Ara Sınav
9 Kütle spektrometresi ile protein tanımlama I: Peptit Kütle Parmak İzi Analizi. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama, Bilgisayar Uygulaması
10 Kütle spektrometresi ile protein tanımlama II: Peptit Fragment Parmak İzi Analizi. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama, Bilgisayar Uygulaması
11 Kütle spektrometresi tabanlı de novo aminoasit dizilemesi ve bu amaç için kullanılabilecek yazılımlar. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
12 Protein BLAST’ın kullanım amaçları ve uygulamaları. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama, Bilgisayar Uygulaması
13 Kantitatif proteomikste kullanılan yöntemler. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
14 Kantitatif proteomikste biyoinformatik analizlerin kullanımı. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama
15 Protein 3 boyutlu yapılarının aydınlatılması, modellemede kullanılan yazılımlar ve homoloji tabanlı yapı modelleme. Yapay zekanın bu alanda kullanımı. Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama, Bilgisayar Uygulaması
16 Final Sınavı
Ders Kitabı / Yardımcı Kitap
1 Hubbard SJ, Jones AR. 2010. Proteome Bioinformatics. Springer.
2 Campbell AM, Heyer LJ. 2006. Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. Benjamin Cummings.
3 Eidhammer I, Flikka K, Martens L, Mikalsen S-O. 2007. Computational Methods for Mass Spectrometry Proteomics. Wiley.
4 Özel Demiralp F, İğci N, Peker S, Ayhan B. 2014. Temel Proteomik Stratejiler. Ankara Üniversitesi Yayınevi, Ankara.
Ders Araç - Gereç ve Malzemeleri
Ders notları, kitaplar, ilgili makaleler, bilgisayar.

Ölçme Yöntemi
Yöntem Hafta Süre (Saat) Katkı(%)
Ara Sınav 8 2 20
Diğer Ölçme Yöntemleri
1.Sözlü Sınav
2.Kısa Sınav (Quiz)
3.Laboratuvar Sınavı
4.Sunum 15 2 20
5.Rapor
6.Seminer
7.Performans Ödevi
8.Dönem Ödevi
9.Proje
Final Sınavı 16 2 60

Öğrenci İş Yükü
İşlem Adı Haftalık Saat Sayı İş Yükü
Haftalık Ders Saati (Teorik+Uygulama) 3 14 42
Sınıf Dışı Çalışma
       a) Okuma 3 14 42
       b) İnternette/Kütüphanede Tarama 3 14 42
       c) Performans Ödevi 0
       d) Seminer/Sunum/Rapor Hazırlama 2 7 14
       e) Dönem Ödevi/Proje Hazırlama 0
Sözlü Sınav 0
Kısa Sınav (Quiz) 0
Laboratuvar Sınavı 0
Ara Sınav İçin Hazırlık 2 7 14
Ara Sınav 2 1 2
Final Sınavı İçin Hazırlık 2 7 14
Final Sınavı 2 1 2
0
0
Toplam İş Yükü 172